1.《清代巡臺御史奏折匯編》收集北京中國歷史檔案館、臺北故官博物院以及臺北“中央研究院”歷史語言研究所等單位典藏的自康熙六十一年至乾隆四十七年間歷任巡臺御史的相關奏摺。2.部分任滿巡臺御史奏摺有涉及臺灣者,亦酌予收入。3.另外,與巡臺御史制度及巡臺御史個人有直接關系的上諭和其他大臣的奏摺以附錄一的形式附在巡臺御史的奏摺之后,以便讀者查閱。4.首任巡臺御史黃叔??著有《南征記程》一卷,以日記的形式詳細記錄了自京師出發(fā)至臺灣任所的路縫及沿途見聞,始于康熙后壬寅正月,而迄于是年六月,對于我們了解當年巡臺御史自京赴臺的路綫與艱辛過程有不少幫助,作為附錄二,附在書后。5.巡臺御史奏摺按其奏文末尾標注的上奏時間依序排列。部分奏摺上奏時間缺損,只有朱批時間,就依朱批時間排列,并用括弧注明。如“乾隆九年八月初三日(朱批)”。6.個別奏摺既無上奏時間,又無朱批時間,但可按相關的資料推測出時間的,就標注出推測的時間,并用括弧注明。如“乾隆八年四月初六日(推測)”。7.奏摺中原來表示敬意的抬頭頂格、空格等格式一律取消,按目前正常書寫格式排版,并加上現(xiàn)代漢語的標點。標點的目的主要是為了斷句,使讀者可以準確理解和把握奏摺原文的意思,并使之更適合于現(xiàn)代的閱讀習慣,而非令原來沒有標點符號的古代文獻來適應當今的漢語規(guī)范和格式。8.奏摺原文無分段,現(xiàn)根據奏摺原文的內容,適當予以分段,以便閱讀。