動物重要經濟性狀基因的分離與應用

第1章 緒論
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第2章 QTL連鎖分析理論和方法
 2.1 QTL連鎖分析概述
 2.2 Bayes統(tǒng)計推斷的基本原理
 2.3 基于RJ—MCMC進行畜禽遠交群體QTL連鎖分析
  2.3.1 遺傳模型
  2.3.2 標記基因型和性狀表型的數據模擬
  2.3.3 QTL的IBl2)矩陣推斷方法
  2.3.4 基于RJ-MCMC的QTL連鎖分析
  2.3.5 連續(xù)性狀QTL連鎖分析
  2.3.6 二級閾性狀QTL連鎖分析
  2.3.7 主要結論
 2.4 基于貝葉斯壓縮(Bayes shrinkage)技術的QTL連鎖分析
 2.4.1 基于Bayes壓縮技術的連鎖分析模型
 2.4.2 全條件后驗分布推導和M(；MC抽樣
 2.4.3 基于MCMC參數估計值的統(tǒng)計檢驗
 2.4.4 貝葉斯壓縮方法的模擬驗證
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第3章 QTL精細定位理論與方法
 3.1 基于IBD方法的基因精細定位
  3.1.1 IBD定位方法基本原理
  3.1.2 IBD精細定位的分析方法
  3.1.3 IBD精細定位的模擬研究
 3.2 結合連鎖分析(LA)和連鎖不平衡分析(LA／LD)的QTL精細定位策略
  3.2.1 LD／LA定位的理論基礎和方法
  3.2.2 基于模擬試驗進行LA和LA／LD分析的比較研究
  3.2.3 主要結論
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第4章 基于傳遞不平衡檢驗的關聯(lián)分析方法
 4.1 利用系譜傳遞不平衡檢驗進行閾性狀QTL定位
  4.1.1 PTDT方法
  4.1.2 PTDT的檢驗功效和I型錯誤
  4.1.3 影響PTDT檢驗效力的因素
 4.2 利用系譜傳遞不平衡檢驗進行數量性狀QTL定位
  4.2.1 數量性狀轉化為分類性狀方法
  4.2.2 選擇性基因型測定
  4.2.3 數據模擬
  4.2.4 數量性狀轉化方法比較
  4.2.5 PTDT、與QTDT和PDT效力比較
  4.2.6 PTDT選擇性基因型測定基因定位效力
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第5章 單倍型推斷
 5.1 基本概念
  5.1.1 單倍型(haplotype)、雙倍型(diplotype)
  5.1.2 單倍型推斷
  5.1.3 大片段染色體單倍型推斷
 5.2 利用單親資料推斷單倍型——SPFt{AP法
  5.2.1 方法概述
  5.2.2 單倍型推斷效率
 5.3 利用全同胞信息推斷單倍型——FSHAP法
  5.3.1 方法概述
  5.3.2 單倍型推斷效率
 5.4 復雜家系單倍型推斷
  5.4.1 零重組單倍型推斷方法(ZRHI)
  5.4.2 有重組單倍型推斷方法——MRHI
  5.4.3 討論
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第6章 生物信息學在重要經濟性狀的基因分離中應用
 6.1 牛全基因組轉錄因子數據庫構建
  6.1.1 牛全基因組預測轉錄因子識別原理
  6.1.2 數據與方法
  6.1.3 牛全基因組預測轉錄因子數據庫的構架以及應用
  6.1.4 數據庫特征分析
 6.2  后生動物轉錄因子ETS基因家族的分類與進化分析
  6.2.1 數據來源和分析方法
  6.2.2 分析結果
  6.2.3 討論
 6.3 基因芯片的數據分析
  6.3.1 微陣列數據的數學模型
  6.3.2 非對數轉換方法
  6.3.3 檢測差異表達的基因
  6.3.4 cDNA微陣列數據的模擬
  6.3.5 模擬數據研究結果
  6.3.6 模擬研究結果分析
  6.3.7 實際數據分析應用
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第7章 動物分子標記輔助育種技術
 7.1 標記輔助選擇
  7.1.1 MA—BLUP
  7.1.2 兩階段選擇
 7.2 標記輔助導入
 7.3 標記輔助基因聚合
  7.3.1 基因聚合的基本思路
  7.3.2 動物群體的基因聚合方案
  7.3.3 基因聚合所需群體規(guī)模的計算
  7.3.4 不同基因聚合方案的比較
  7.3.5 影響基因聚合方案效率的因素
  7.3.6 基因聚合的果蠅模擬試驗
 參考文獻
第8章 基因組選擇技術
 8.1 基因組選擇技術簡介
  8.1.1 基因組選擇的基本原理
  8.1.2 基因組育種值的計算方法
  8.1.3 基因組選擇的準確性及其影響因素
  8.1.4 基因組選擇的應用
 8.2 利用性狀特異關系矩陣的最佳線性無偏預測法(TABLUP)
  8.2.1 TABLUP法的基本方法
  8.2.2 TABLUP法的性能
8.3 利用低密度標記的基因組選擇
  8.3.1 高密度芯片下GEBV的準確性
  8.3.2 標準參數下低密度芯片的GEBV準確性
  8.3.3 遺傳力對低密度標記GEBV準確性的影響
  8.3.4 有效群體大小對低密度標記GEBV準確性的影響
  8.3.5 篩選標記數和芯片密度的關系
  8.3.6 低密度標記基因組選擇的相關問題
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第9章 豬免疫性狀基因定位
 9.1 豬各種免疫性狀的生物學意義
  9.1.1 血液指標
  9.1.2 細胞因子
  9.1.3 T淋巴細胞亞群
  9.1.4 IgG與溶菌酶
 9.2 豬免疫(抗病)性狀相關QTL和候選基因的研究現(xiàn)狀
  9.2.1 豬免疫(抗病)性狀相關QTL的研究現(xiàn)狀
  9.2.2 豬免疫(抗病)性狀相關候選基因的研究現(xiàn)狀
 9.3 我國豬群中免疫性狀相關的QTL檢測
  9.3.1 試驗豬群及免疫指標測定
  9.3.2 微衛(wèi)星標記的選擇及QTL連鎖分析
  9.3.3 影響豬血常規(guī)指標QTL的定位結果
  9.3.4 影響豬細胞因子QTL的定位結果
 9.4 我國豬群中豬免疫性狀的候選基因分析
  9.4.1 豬CDl4基因的克隆和組織表達
  9.4.2 TLR4的組織表達
  9.4.3 LMP2和MECL一1基因的克隆和組織表達
  9.4.4 豬LMP2、LMP7基因與免疫性狀的關聯(lián)分析
 參考文獻
第10章 仔豬腹瀉抗性基因分離與鑒定
 10.1 致仔豬腹瀉大腸桿菌簡介
  10.1.1 大腸桿菌疾病分類及主要特征
  10.1.2 大腸桿菌的致病機理
  10.1.3 ETEC的血清分型
  10.1.4 產腸毒素的毒力因子及其致病性
 10.2 仔豬小腸上的大腸桿菌受體
  10.2.1 受體的作用
  10.2.2 受體的性質
  10.2.3 腸道不同部位、日齡等對受體的影響
  10.2.4 仔豬產腸毒素F4ab／ac受體的遺傳特性
  10.2.5 受體的檢測以及影響因素
 10.3 F4受體候選基因的篩選
  10.3.1 DDRT—PCR技術篩選仔F4受體候選基因
  10.3.2 抑制性消減雜交(SSH)技術篩選仔豬腹瀉抗性候選基因
 10.4 仔豬腹瀉大腸桿菌F4aD，／ac受體候選基因分析
  10.4.1 轉鐵蛋白(Tf)
  10.4.2 腫瘤相關鈣離子信號轉導因子1(TACSTDl)
  10.4.3 黏液素4基因(MUC4)
 10.5 F4ab／ac受體基因的精細定位
 參考文獻
第ll章 奶牛產奶性狀全基因組關聯(lián)分析
 11.1 資源群體
 11.2 SNP基因型測定及質量控制
 11.3 全基因組關聯(lián)分析統(tǒng)計方法
  11.3.1 關聯(lián)分析的統(tǒng)計模型
  11.3.2 對多重檢驗的校正
  11.3.3 群體分層檢驗
 11.4 與牛產奶性狀顯著關聯(lián)的SNPs
  11.4.1 產奶量
  11.4.2 乳脂量
  11.4.3 乳蛋白量
  11.4.4 乳脂率
  11.4.5 乳蛋白率
 11.5 主要結論
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第12章 雞生長和產蛋性狀候選基因分析
 12.1 雞重要經濟性狀分子遺傳機理研究現(xiàn)狀
  12.1.1 雞的基因組圖譜
  12.1.2 雞重要經濟性狀QTL定位研究進展
  12.1.3 雞重要經濟性狀的候選基因
  12.1.4 北京油雞生長和產蛋性狀候選基因分析
 12.2 TGFB2和IGF2R基因的遺傳效應分析
  12.2.1 SNP篩選和測定
  12.2.2 SNP與性狀的關聯(lián)分析
  12.2.3 TGFB2基因SNP的轉錄因子結合位點分析
 12.3 IGFBPl、IGFBP3和STAT5B基因遺傳效應分析
  12.3.1 SNP篩選和測定
  12.3.2 基因和基因型頻率以及Hardy—weinberg平衡檢驗
  12.3.3 SNP與生長和產蛋性狀的關聯(lián)分析
  12.3.4 蛋白質結構預測
  12.3.5 轉錄因子結合位點分析
 12.4 GHRHR和JAK2基因遺傳效應分析
  12.4.1 SNP篩選和測定
  12.4.2 SNP與生長和產蛋性狀關聯(lián)分析
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第13章 動物雜種優(yōu)勢分子遺傳機理研究
 13.1 試驗雞群組建
 13.2 試驗雞群主要屠體性狀及產蛋性狀的雜種優(yōu)勢率
  13.2.1 主要屠體性狀的雜種優(yōu)勢
  13.2.2 主要產蛋性狀的雜種優(yōu)勢
  13.2.3 主要蛋品質性狀的雜種優(yōu)勢率
 13.3 心肌和肝臟組織基因差異表達與雞屠體性狀雜種優(yōu)勢的關系
  13.3.1 基因差異表達類型與雞屠體性狀雜種優(yōu)勢的關系
  13.3.2 差異表達基因的表達量與屠體性狀雜種優(yōu)勢的關系
  13.3.3 主要研究結論
 13.4 卵巢組織基因差異表達與雞產蛋性狀和蛋品質性狀雜種優(yōu)勢的關系
  13.4.1 基因差異表達模式與雞產蛋性狀和蛋品質性狀雜種優(yōu)勢的關系
  13.4.2 差異表達基因的表達量與產蛋性狀和蛋品質性狀雜種優(yōu)勢的關系
 13.5 應用熒光定量差異顯示技術探索雞雜種優(yōu)勢的分子機理
  13.5.1 利用持家基因的熒光定量分析標定cDNA池的濃度
  13.5.2 促卵泡素受體基因(FsHR)的熒光定量檢測結果
  13.5.3 雌激素受體(ER)基因的熒光定量檢測結果
  13.5.4 主要研究結論
 參考文獻