計(jì)算化學(xué)：從理論化學(xué)到分子模擬

序
前言
符號說明
緒言
參考文獻(xiàn)
基本原理篇
　第1章 體系的經(jīng)典力學(xué)描述
　 1.1 基本概念
　 1.2 經(jīng)典力學(xué)
　　　1.2.1 最小作用量原理和Lagrange方程
　　　1.2.2 Hamilton E則方程
　　　1.2.3 最小作用量原理與：Hamilton正則方程
　　　1.2.4 Hamilton—Jacobi方程
參考文獻(xiàn)
　第2章 勢能面
　 2.1 Hohenberg-Kohn第一定理
　 2.2 分子結(jié)構(gòu)文件表達(dá)方法
　　　2.2.1 直角坐標(biāo)表達(dá)法
　　　2.2.2 內(nèi)坐標(biāo)法
　 2.3 勢能面及其特征
　 2.4 力場方法
　　　2.4.1 力場方法的勢能表達(dá)形式
　　　2.4.2 力場方法的本質(zhì)和改進(jìn)
　 2.5 能量極小化
　　　2.5.1 單純形法
　　　2.5.2 最速下降法
　　　2.5.3 共軛梯度法
　　　2.5.4 Newton-Raphson法
　2.6 尋找過渡態(tài)
　　　2.6.1 過渡態(tài)附近的勢能面特征
　　　2.6.2 勢能梯度的模方
參考文獻(xiàn)
　第3章 分子動力學(xué)方法
　 3.1　初等分子動力學(xué)原理
　　　3.1.1　Verlet法
　　　3.1.2　蛙跳法
　　　3.1.3　速度Verlet法
　　　3.1.4　位置Verlet法
　　　3.1.5　Beeman法
　　　3.1.6　Gear法.
　3.2　隨機(jī)動力學(xué)模擬
　　　3 2.1 Langovin方程及其形式解
　　　3.2.2　隨機(jī)動力學(xué)中的蛙跳法
　3.3　限制性和約束性分子動力學(xué)模擬
　　　3.3.1　限制性分子動力學(xué)模擬.
　　　3.3.2　約束性分子動力學(xué)模擬——SHAKE法
　3.4　恒壓體系的模擬
　　　3.4.1　標(biāo)度變換恒壓法
　　　3.4.2 (NpH)系綜的恒壓擴(kuò)展法(Andersen法）
　　　3.4.3 晶胞可變的(NpH)系綜的模擬——Parrinello-Rahman法
　3.5　恒溫體系的模擬
　　　3.5.1 Woodcock變標(biāo)度恒溫法
　　　3.5.2 Berendsen變標(biāo)度恒溫法.
　　　3.5.3 Andersen熱浴法
　　　3.5.4　恒溫?cái)U(kuò)展法——Nose動力學(xué)
　　　3.5.5　Hoover動力學(xué)
　3.6　經(jīng)典力學(xué)及其算符方法
　　　3.6.1　概率密度分布函數(shù)、Liouville方程
　　　3.6.2　經(jīng)典Liouville算符、力學(xué)量的時(shí)間演化
　　　3.6.3　經(jīng)典演化算符、時(shí)間反演對稱性
　　　3.6.4　Trotter定理和經(jīng)典演化算符的因子化
　 3.7　多重時(shí)間尺度積分的分子動力學(xué)模擬
　 3.8　Hamilton體系的辛算法
　　　3.8.1　Hamilton力學(xué)的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.2　正則變換的辛結(jié)構(gòu).
　　　3.8.3　線性Hamilton體系
　　　3.8.4 線性Hamilton體系的基于Pade逼近的辛格式
　　　3.8.5　非線性Hamilton體系的Euler中點(diǎn)辛格式
　　　3.8.6　辛算法實(shí)例
　3.9　Poincae回歸定理與分子動力學(xué)模擬
　　　3.9.1　Poincare回歸定理
　　……
　第4章 Monte Carlo模擬
　第5章 相關(guān)函數(shù)
　第6章 近平衡態(tài)的量子統(tǒng)計(jì)理論
應(yīng)用篇
　第7章 熱化學(xué)
　第8章 輸運(yùn)性質(zhì)
　第9章 分子光譜的模擬
　第10章 固體材料
　第11章 統(tǒng)計(jì)數(shù)學(xué)在藥物、材料設(shè)計(jì)上的應(yīng)用
附錄
索引