基因表達(dá)數(shù)據(jù)的特征選擇及其識(shí)別算法研究

序 前言 第1章 緒論 1 參考文獻(xiàn) 3 第2章 理論基礎(chǔ)與相關(guān)工作 5 2.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)特征選擇方法 5 2.2 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 7 2.3 支持向量機(jī) 11 2.4 超限學(xué)習(xí)機(jī) 15 2.5 集成學(xué)習(xí) 21 2.6 代價(jià)敏感學(xué)習(xí) 22 2.7 決策樹(shù) 23 2.8 粒子群算法 24 2.9 遺傳算法 24 2.10 小結(jié) 25 參考文獻(xiàn) 25 第3章 基于基因數(shù)據(jù)的特征選擇算法 29 3.1 引言 29 3.2 基于信息增益的基因分組與篩選 30 3.2.1 信息熵與信息增益 30 3.2.2 信息增益流程 31 3.3 基于互信息最大化的基因分組與篩選 32 3.4 基于遺傳算法的基因選擇 33 3.4.1 遺傳算法簡(jiǎn)介 33 3.4.2 遺傳算法流程 33 3.4.3 編碼方式 34 3.4.4 適應(yīng)度函數(shù) 34 3.4.5 遺傳算子 35 3.4.6 交叉率與變異率 36 3.5 基于聚類(lèi)算法與PSO算法的基因選擇 36 3.5.1 聚類(lèi)算法 36 3.5.2 算法描述 37 3.6 基于信息增益和遺傳算法的基因選擇 38 3.6.1 算法分析 38 3.6.2 算法描述 38 3.6.3 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 39 3.7 基于互信息最大化和遺傳算法的基因選擇 45 3.7.1 算法分析 45 3.7.2 算法描述 45 3.7.3 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 46 3.8 基于互信息最大化和自適應(yīng)遺傳算法的基因選擇 50 3.8.1 自適應(yīng)遺傳算法 50 3.8.2 算法流程 51 3.8.3 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 52 3.9 小結(jié) 54 參考文獻(xiàn) 55 第4章 基于核主成分分析的旋轉(zhuǎn)森林基因數(shù)據(jù)分類(lèi)算法 58 4.1 引言 58 4.2 集成算法 59 4.2.1 Boosting算法 59 4.2.2 Adaboost算法 59 4.2.3 Bagging算法 60 4.2.4 隨機(jī)森林 60 4.2.5 旋轉(zhuǎn)森林 62 4.3 基于核主成分分析的旋轉(zhuǎn)森林 63 4.3.1 核函數(shù)相關(guān)理論 63 4.3.2 核主成分分析 65 4.3.3 基于核主成分分析的旋轉(zhuǎn)森林算法描述 66 4.4 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 69 4.5 小結(jié) 74 參考文獻(xiàn) 75 第5章 基于改進(jìn)PSO的KELM的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分類(lèi) 77 5.1 引言 77 5.2 基本粒子群算法 78 5.3 自適應(yīng)混沌粒子群算法對(duì)超限學(xué)習(xí)機(jī)參數(shù)的優(yōu)化作用 78 5.3.1 自適應(yīng)慣性權(quán)重與適應(yīng)度方差 78 5.3.2 混沌序列 79 5.3.3 算法分析與描述 79 5.3.4 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 80 5.4 基于改進(jìn)PSO的核超限學(xué)習(xí)機(jī)算法 83 5.4.1 KELM 83 5.4.2 算法簡(jiǎn)介 84 5.4.3 算法分析與描述 86 5.4.4 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 88 5.5 小結(jié) 91 參考文獻(xiàn) 91 第6章 基于輸出不一致測(cè)度的ELM集成基因表達(dá)數(shù)據(jù)分類(lèi) 93 6.1 引言 93 6.2 相異性集成 94 6.3 常見(jiàn)的相異性度量方法 95 6.3.1 輸出不一致測(cè)度 95 6.3.2 錯(cuò)誤一致測(cè)度 95 6.4 基于榆出不一致測(cè)度的ELM集成 96 6.4.1 理論分析 97 6.4.2 算法描述 98 6.4.3 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果分析 99 6.5 嵌入代價(jià)敏感的相異性集成超限學(xué)習(xí)機(jī) 102 6.5.1 嵌入代價(jià)敏感的D.ELM 102 6.5.2 算法分析與描述 103 6.5.3 嵌入拒識(shí)代價(jià)的CS.D.ELM 104 6.6 小結(jié) 105 參考文獻(xiàn) 105 第7章 基于代價(jià)敏感的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分類(lèi) 108 7.1 引言 108 7.2 代價(jià)敏感超限學(xué)習(xí)機(jī) 110 7.2.1 貝葉斯決策論的啟發(fā) 110 7.2.2 基于ELM集成的概率 111 7.2.3 算法分析與描述 112 7.3 嵌入拒識(shí)代價(jià)的代價(jià)敏感ELM 114 7.3.1 CS-ELM的實(shí)驗(yàn)結(jié)果 115 7.3.2 嵌入拒識(shí)代價(jià)的CS-ELM的實(shí)驗(yàn)結(jié)果 117 7.4 代價(jià)敏感旋轉(zhuǎn)森林 120 7.4.1 代價(jià)敏感決策樹(shù) 120 7.4.2 算法分析 122 7.4.3 CS-RoF的實(shí)驗(yàn)結(jié)果 122 7.5 小結(jié) 127 參考文獻(xiàn) 127 第8章 總結(jié) 131