《孔子紀(學術思想的啟門與文化制度的創(chuàng)設)》從歷史元典出發(fā),結合近年來的出土文獻研究,對孔子的家世、生平進行了新的考訂,在很多關鍵點上找出了以往的孔子研究和思想史研究未發(fā)現的證據,作出了合乎歷史文化邏輯的全新推論。《孔子紀(學術思想的啟門與文化制度的創(chuàng)設)》的重要學術思想貢獻在于深入辨析了孔子與“六經”的關系,在元典中找到并論證了前人未曾發(fā)現的孔子刪述、整理“六經”的一系列歷史證據,并對《尚書》《春秋》《易經》在兩千多年的傳承過程中被遮蔽的文化和思想內涵進行了新的探討和論述——《尚書》中所蘊含的一種完美的政治倫理結構:“天一天子一民”三者之間的循環(huán)監(jiān)督制約關系;孔子作《春秋》的兩條證據鏈:“祝史正辭”與“諸侯之策”的歷史背景與相應的制度沿革,厘清了孔子作《春秋》的禮樂沖動和史料來源;《周易》是人類文明史上迄今未能得到充分認知的神秘而又完美的形式邏輯系統(tǒng),孔門傳《易》所帶來的禮樂之“定”與易學之“變”之間的緊張互動關系。