DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具

定　價(jià)：￥48.00

作　者：	薛慶中等編著
出版社：	科學(xué)出版社
叢編項(xiàng)：	生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書
標(biāo)　簽：	生物化學(xué)

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ISBN：	9787030226334	出版時(shí)間：	2009-01-01	包裝：	平裝
開本：	16開	頁(yè)數(shù)：	204	字?jǐn)?shù)：

內(nèi)容簡(jiǎn)介

　　全書分9章。第1章，闡述序列比較的核心方法，即運(yùn)用BLAST和ClustalX等工具做序列比對(duì)。第2章，重點(diǎn)介紹核苷酸序列分析工具，主要包括：基因可讀框的識(shí)別，CpG島、轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)和啟動(dòng)子區(qū)域的預(yù)測(cè)分析，用mRNA序列預(yù)測(cè)基因等。第3章，介紹電子克隆的概念和具體操作方法。第4章，用MEGA4做分子進(jìn)化遺傳分析，繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹，為研究基因進(jìn)化打好基礎(chǔ)。第5章，對(duì)蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域和三維空間結(jié)構(gòu)、預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的生物學(xué)功能等工具做逐一介紹。第6章，通過(guò)Gene Ontology和KEGG兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，挖掘基因和蛋白質(zhì)的功能并做代謝途徑分析。第7章，利用X！Tandem軟件鑒定蛋白質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，進(jìn)而預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)；同時(shí)借助TPP軟件包進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，優(yōu)化檢索結(jié)果。第8章，使用TqVl4軟件實(shí)現(xiàn)芯片的數(shù)據(jù)采集和標(biāo)準(zhǔn)化處理，并借助GenMAPP軟件挖掘芯片數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。第9章，通過(guò)Cytoscape軟件演示，介紹系統(tǒng)生物學(xué)分析概況，展示蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用，應(yīng)用插件做網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析。書后附有專業(yè)詞中英文對(duì)照。本書是為從事生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)及計(jì)算機(jī)科學(xué)等領(lǐng)域研究的研究生、大學(xué)生、教師、醫(yī)生、研究人員、計(jì)算機(jī)工作人員提供的通俗易學(xué)的手冊(cè)和工具。

作者簡(jiǎn)介

　　薛慶中，男，浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院農(nóng)學(xué)系教授，博士生導(dǎo)師。獲獎(jiǎng)情況：2001年榮獲浙江省農(nóng)業(yè)科技先進(jìn)工作者；2000年主持課題“抗螟蟲抗除草劑轉(zhuǎn)基因水稻花培品系的選育”獲浙江省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)，1999年主持課題“應(yīng)用分子標(biāo)記輔助選擇培育抗白葉枯病水稻恢復(fù)系”，獲浙江省科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；1998年主持課題“應(yīng)用原生質(zhì)體培養(yǎng)選育水稻光敏核不育系”，獲浙江省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)；1995年在馬尼拉第三屆國(guó)際水稻遺傳學(xué)大會(huì)上作水稻抗蟲轉(zhuǎn)基因大會(huì)報(bào)告；1992年榮獲國(guó)務(wù)院頒發(fā)的政府特殊津貼。

圖書目錄

前言
第1章序列比對(duì)工具BLAST和ClustalX的使用
1.1 序列比對(duì)BLAST
1.1.1 網(wǎng)上運(yùn)行BLAST
1.1.2 本地運(yùn)行BLAST（Windows系統(tǒng)）
1.2 多序列比對(duì)（ClustalX）
1.2.1 ClustalX的使用
1.2.2 數(shù)據(jù)的輸入
1.2.3 數(shù)據(jù)的輸出
主要參考文獻(xiàn)
第2章真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析
2.1 基因可讀框的識(shí)別
2.2 CpG島、轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)和啟動(dòng)子區(qū)域的預(yù)測(cè)分析
2.2.1 CpG島的預(yù)測(cè)分析
2.2.2 轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)的預(yù)測(cè)分析
2.2.3 啟動(dòng)子區(qū)域的預(yù)測(cè)分析
2.3 采用.mR_NA序列預(yù)測(cè)基因Spidey的使用
2.4 ASTD數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
主要參考文獻(xiàn)
第3章電子克隆
3.1 利用UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行電子延伸
3.1.1 目標(biāo)序列的blastn檢索
3.1.2 UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)檢索
3.1.3 下載UniGene Cluster中所有EsT序列
3.2 從數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取cDNA全長(zhǎng)序列
3.3 本地序列拼接
3.3.1 CAP3序列拼接程序
3.3.2 Velvet序列拼接程序
3.4 基因的電子表達(dá)譜分析
3.5 核酸序列的電子基因定位分析
主要參考文獻(xiàn)
第4章分子進(jìn)化遺傳分析工具（MEGA 4）的使用
4.1 序列數(shù)據(jù)的獲取和比對(duì)
4.1.1 數(shù)據(jù)庫(kù)直接檢索
4.1.2 BLAST比對(duì)
4.2 遺傳距離的估計(jì)
4.3 分子鐘假說(shuō)的檢驗(yàn)
4.4 多序列比對(duì)結(jié)果文件格式轉(zhuǎn)換
4.5 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
4.5.1 進(jìn)化樹構(gòu)建方法選擇
4.5.2 進(jìn)化樹的樹形選擇
4.5.3 進(jìn)化樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)調(diào)整
4.5.4 進(jìn)化樹樹枝形態(tài)的優(yōu)化
4.5.5 進(jìn)化樹的保存
主要參考文獻(xiàn)
第5章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)
5.1 蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)分析
5.1.1 蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析
5.1.2 蛋白質(zhì)親疏水性分析
5.1.3 跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
5.1.4 卷曲螺旋預(yù)測(cè)
5.2 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
5.2.1 PredictProtein
5.2.2 PSIPRED
5.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域與功能分析
5.3.1 Pfam（protein families database of alignment and HMM）
5.3.2 PROSITE
5.3.3 BLOCKS
5.3.4 SMART
5.4 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)分析
5.4.1 同源建模（homology modeling）
5.4.2 線串法（threading）
5.4.3 從頭預(yù)測(cè)（ab initio prediction）
5.4.4 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)觀察
主要參考文獻(xiàn)
第6章 Gene Ont0Iogy數(shù)據(jù)庫(kù)和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
6.1 Gene Ont010gy數(shù)據(jù)庫(kù)
6.1.1 簡(jiǎn)介
6.1.2 用關(guān)鍵詞檢索GO數(shù)據(jù)庫(kù)
6.1.3 用序列檢索GO數(shù)據(jù)庫(kù)
6.2 KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)
6.2.1 簡(jiǎn)介
6.2.2 根據(jù)代謝途徑名稱檢索
6.2.3 根據(jù)基因名稱檢索
6.2.4 根據(jù)序列檢索
主要參考文獻(xiàn)
第7章蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析
7.1 生物質(zhì)譜技術(shù)介紹
7.1.1 質(zhì)譜技術(shù)的基本原理
7.1.2 X！Tandem軟件
7.1.3 Mascot軟件
7.2 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析軟件
7.2.1 TPP簡(jiǎn)介
7.2.2 TPP的安裝與配置
7.2.3 樣本數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
7.2.4 將RAW文件轉(zhuǎn)換成mzXML文件
7.2.5 由hmfl文件生成pepXML文件
7.2.6 運(yùn)行PeptideProphet
7.2.7 運(yùn)行ProteinProphet
7.2.8 數(shù)據(jù)的過(guò)濾篩選和將結(jié)果保存成Excel文件
主要參考文獻(xiàn)
第8章基因芯片數(shù)據(jù)處理和分析
8.1 芯片數(shù)據(jù)的獲取和處理
8.1.1 芯片數(shù)據(jù)的格式轉(zhuǎn)換
8.1.2 數(shù)據(jù)基本處理
8.2 芯片數(shù)據(jù)的檢索和提交
8.2.1 芯片數(shù)據(jù)的文件格式
8.2.2 芯片數(shù)據(jù)的提交
8.3 芯片數(shù)據(jù)的可視化
8.3.1 GenMAPP的概念
8.3.2 GenMAPP的安裝
8.3.3 GenMAPP的使用
8.4 芯片數(shù)據(jù)聚類分析
8.4.1 CLUSTER
8.4.2 TreeView
主要參考文獻(xiàn)
第9章系統(tǒng)生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析
9.1 Cytoscape軟件簡(jiǎn)介
9.1.1 概況
9.1.2 主要功能
9.2 軟件安裝
9.3 Cytoscape基本操作
9.3.1 信息輸入
9.3.2 插件安裝
9.4 應(yīng)用Cytoscape進(jìn)行基因注釋
9.4.1 BINGO插件的安裝
9.4.2 使用實(shí)例
9.5 應(yīng)用Cytoscape進(jìn)行細(xì)胞定位
9.5.1 Cerebral插件的安裝
9.5.2 使用實(shí)例
9.6 應(yīng)用Cytoscape搜索基因相互作用文獻(xiàn)
9.6.1 Agilent Literature Search插件安裝
9.6.2 使用實(shí)例
9.7 應(yīng)用Cytoscape做網(wǎng)絡(luò)分析
9.7.1 將BOND網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)的信息輸入Cytoscape
9.7.2 網(wǎng)絡(luò)分析
主要參考文獻(xiàn)
英漢對(duì)照詞匯
索引
彩圖