比較基因組學(xué)手冊(cè)：原理與方法

上篇基因組特性
第1章原核生物3
11引言3
12形態(tài)和分類9
13基因組的形狀和大小12
14基因數(shù)目和組成方式15
15堿基組成19
16密碼子的使用26
17復(fù)制和表達(dá)28
第2章真核生物34
21引言34
22真核生物的分類與時(shí)間尺度34
23基因組的形狀和大小37
24堿基組分42
25復(fù)制、修復(fù)和重組44
26基因表達(dá)48
261轉(zhuǎn)錄與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控48
262遺傳密碼和密碼子的使用54
263翻譯與翻譯后修飾55
27完整測(cè)序的真核生物基因組58
271釀酒酵母基因組60
272粟酒裂殖酵母基因組63
273線蟲(chóng)基因組63
274黑腹果蠅基因組65
275擬南芥基因組67
276水稻基因組69
277人基因組70
第3章細(xì)胞器77
31線粒體77
311一般結(jié)構(gòu)和功能77
312DNA與遺傳系統(tǒng)79
313基因組的特征88
32葉綠體和其他質(zhì)體114
中篇方法學(xué)
第4章基因組學(xué)中的分子生物學(xué)技術(shù)121
41基因組DNA測(cè)序121
411DNA測(cè)序技術(shù)121
412人類基因組計(jì)劃124
42轉(zhuǎn)錄組分析125
421基因表達(dá)分析125
422表達(dá)序列標(biāo)簽126
423基因表達(dá)序列分析127
424差異顯示129
425表現(xiàn)度示差分析130
426DNA微陣列131
43蛋白質(zhì)組分析 137
431二維凝膠電泳137
432蛋白質(zhì)鑒定139
433蛋白質(zhì)DNA和蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用的研究 141
434生物芯片法分析蛋白質(zhì)組 143
第5章基因組時(shí)代的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)145
51引言145
52基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫(kù)和專業(yè)化的數(shù)據(jù)庫(kù)145
53數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)148
54數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接與互通性150
55數(shù)據(jù)庫(kù)注釋151
56檢索系統(tǒng)154
561SRS154
562Entrez155
563其他檢索系統(tǒng)155
57核酸數(shù)據(jù)庫(kù)155
58蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)156
59其他蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)156
510基因組數(shù)據(jù)庫(kù)和資源159
511基因數(shù)據(jù)庫(kù)與資源163
512轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)164
513代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)165
514突變數(shù)據(jù)庫(kù)167
515線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)和資源168
第6章基因組序列分析的計(jì)算方法171
61引言171
62點(diǎn)陣圖172
63兩序列比對(duì)175
631NeedlemanWunsch 全局比對(duì)算法175
632SmithWaterman算法176
633cDNA以及基因組DNA序列的比對(duì)179
634基因組比對(duì)179
635清除序列庫(kù)中的冗余序列181
636同源序列相似度的計(jì)算185
64數(shù)據(jù)庫(kù)搜索189
641FASTA190
642BLAST192
643BLAST和FASTA程序包198
644過(guò)濾不需要的序列匹配塊200
645重復(fù)序列匹配的過(guò)濾201
646比對(duì)分值的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義201
65多序列比對(duì)205
66可識(shí)別遠(yuǎn)源相關(guān)蛋白或蛋白質(zhì)模塊的比對(duì)譜209
67序列的組裝方法213
671序列的凈化213
672序列的聚類214
673構(gòu)建一致序列215
674用電子PCR繪制序列圖譜217
675基因組和EST項(xiàng)目的序列組裝217
676構(gòu)建用于基因索引的組裝序列219
68生物序列的語(yǔ)言學(xué)分析222
681馬爾可夫鏈?zhǔn)缴镄蛄?24
682生物序列語(yǔ)言的復(fù)雜度225
683基因組重復(fù)序列的識(shí)別228
684生物序列中的模式搜索229
685識(shí)別染色體序列中的啟動(dòng)子區(qū)域234
686發(fā)掘識(shí)別基因調(diào)控元件和蛋白質(zhì)模塊組件的模式237
687基因預(yù)測(cè)239
688基因組序列中CpG島的識(shí)別243
689密碼子使用策略分析244
69RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)245
610蛋白質(zhì)序列分析252
6101蛋白質(zhì)一級(jí)序列的分析253
6102預(yù)測(cè)跨膜蛋白螺旋258
6103蛋白質(zhì)信號(hào)肽的識(shí)別及亞細(xì)胞定位的預(yù)測(cè)259
6104蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)265
6105預(yù)測(cè)卷曲螺旋和螺旋轉(zhuǎn)角螺旋結(jié)構(gòu)270
6106蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)270
6107蛋白質(zhì)折疊的識(shí)別與分類273
6108蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)的基因組比較工具273
611進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育分析274
6111同源序列間遺傳距離的評(píng)價(jià)276
6112分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)278
下篇比較基因組學(xué)
第7章分子進(jìn)化293
71引言293
72基因組尺寸的進(jìn)化294
73堿基組分在進(jìn)化中的作用297
74原核基因組的進(jìn)化301
75從原核生物到真核生物302
751真核細(xì)胞的起源302
752線粒體基因組的進(jìn)化304
753質(zhì)體的起源與進(jìn)化309
76從單細(xì)胞到多細(xì)胞312
77核基因組的進(jìn)化312
771內(nèi)含子313
772基因數(shù)目和蛋白質(zhì)數(shù)目313
773非編碼元件314
774基因家族的擴(kuò)展315
775基因組倍增320
776結(jié)論321
第8章分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)322
81引言322
82分子鐘322
83相似性測(cè)量：直系同源與旁系同源324
84基因組學(xué)時(shí)代的分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)326
85遠(yuǎn)源物種間的相互關(guān)系：進(jìn)化樹(shù)328
86后生動(dòng)物的系統(tǒng)發(fā)育329
861細(xì)胞器分類學(xué)與核分類學(xué)329
862哺乳動(dòng)物系統(tǒng)發(fā)育330
附錄本書(shū)引用的URL333
參考文獻(xiàn)335
索引384
譯后記390
出版者的話
中篇方法學(xué)