生物軟件選擇與使用指南

第1章　生物軟件選擇指南
1.1　生物科學(xué)工作者常用軟件
1.1.1　實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備階段
1.1.2　實(shí)驗(yàn)實(shí)施階段
1.1.3　實(shí)驗(yàn)結(jié)果輸出階段
1.2　因特網(wǎng)上的生物軟件資源
1.2.1　通過搜索引擎進(jìn)行搜索
1.2.2　通過生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查找
1.2.3　通過生物資源主題網(wǎng)站進(jìn)行查找
1.2.4　軟件的索取、安裝及使用
第2章　綜合序列分析
2.1　綜合序列分析軟件Lasergene
2.1.1　引言
2.1.2　用GeneQuest發(fā)現(xiàn)新基因
2.1.3　用Protean進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析
2.1.4　用MegAlign進(jìn)行序列比對(duì)和構(gòu)建進(jìn)化樹
2.1.5　序列組裝、引物設(shè)計(jì)、限制圖譜和序列編輯
2.2　綜合序列分析軟件BioEdit
2.2.1　引言
2.2.2　File：文件菜單
2.2.3　Edit：編輯菜單
2.2.4　Sequence：序列菜單
2.2.5　Alignment：排列菜單
2.2.6　View：視圖菜單
2.2.7　Accessory Application：應(yīng)用程序菜單
2.2.8　RNA：RNA序列分析菜單
2.2.9　World Wide Web：網(wǎng)絡(luò)菜單
2.2.10　Options：選項(xiàng)菜單
2.2.1l　Window：窗口菜單
2.2.12　Help：幫助菜單
2.3　綜合序列分析在線程序
2.3.1　EMBOSS
2.3.2　SeWeR
參考文獻(xiàn)
第3章　用BLAST進(jìn)行序列相似性搜索
3.1　引言
3.2　局部比對(duì)搜索基本工具BLAST
3.2.1　BLAST簡介
3.2.2　BLAST檢索的基本知識(shí)
3.2.3　BLAST檢索工具的分類
3.2.4　BLAST檢索中采用的數(shù)據(jù)庫
3.2.5　BLAST檢索的步驟
3.2.6　通過BLAST搜索發(fā)現(xiàn)序列的生物學(xué)意義
3.2.7　用BLAST發(fā)現(xiàn)新基因
參考文獻(xiàn)
第4章　用Clustal(X／W)進(jìn)行多序列比對(duì)
4.1　引言
4.2　Clustal X
4.2.1　Clustal X功能詳解
4.2.2　用Clustal X進(jìn)行蛋白質(zhì)多序列比對(duì)
4.3　Clustal W
第5章　進(jìn)化樹構(gòu)建
5.1　引言
5.1.1　進(jìn)化樹構(gòu)建的基本程序
5.1.2　進(jìn)化樹構(gòu)建的方法選擇
5.1.3　進(jìn)化樹構(gòu)建的軟件選擇
5.1.4　數(shù)據(jù)分析及結(jié)果推斷
5.1.5　總結(jié)
5.2　PHYLIP——免費(fèi)的集成的系統(tǒng)分析軟件包
5.2.1　概述
5.2.2　實(shí)例：用PHYLIP軟件包構(gòu)建GPD蛋白家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹
5.3　MEGA4——免費(fèi)的本地建樹工具
第6章　序列格式轉(zhuǎn)換
6.1　常見的分子序列格式
6.2　序列格式轉(zhuǎn)換軟件
6.2.1　SeqVerter 1.3
6.2.2　ForCon 1.0
6.2.3　序列格式轉(zhuǎn)換在線程序READSEQ
第7章　序列信息遞交
7.1　引言
7.2　用Banklt遞交新基因序列
7.3　用Sequin遞交新基因序列
第8章　引物設(shè)計(jì)
8.1　引言
8.2　通用引物設(shè)計(jì)軟件Primer Premier 5.00
8.2.1　Primer Premier 5.00的序列編輯窗口
8.2.2　Primer Premier 5.00的引物設(shè)計(jì)窗口
8.2.3　Primer Premier 5.00的引I物檢索結(jié)果輸出窗口
8.2.4　Primer Premier 5.00的引物編輯窗口
8.2.5　用Primer Premier 5.00進(jìn)行巢式PCR引物設(shè)計(jì)
8.2.6　用Primer Premier 5.00進(jìn)行簡并引物設(shè)計(jì)
8.2.7　Primer Premier 5.00的其他功能
8.2.8　Primer Premier 5.00程序存在的不足
8.3　通用引物在線設(shè)計(jì)程序Primer 3
8.3.1　Primer 3概述
8.3.2　實(shí)例：應(yīng)用Primer3設(shè)計(jì)針對(duì)p53基因mRNA編碼區(qū)的特異引物
8.4　簡并引物在線設(shè)計(jì)程序GeneFisher
8.4.1　簡并引物設(shè)計(jì)過程及原則
8.4.2　簡并引物設(shè)計(jì)程序GeneFisher
第9章　質(zhì)粒繪圖
9.1　質(zhì)粒繪圖軟件WinPlas
9.1.1　WinPlas的操作界面
9.1.2　WinPlas的操作方法
9.1.3　WinPlas的操作實(shí)例
9.2　質(zhì)粒作圖在線程序PlasMapper 2.0
9.2.1　PlasMapper 2.0的基本功能與操作方法
9.2.2　PlasMapper 2.0程序運(yùn)行實(shí)例
參考文獻(xiàn)
第10章　用ANTHEPROT進(jìn)行蛋白質(zhì)序列分析
10.1　引言
10.2　工具欄與基本功能
10.2.1　工具欄
10.2.2　基本功能
10.3　蛋白質(zhì)序列編輯功能
10.4　蛋白質(zhì)基本分析功能
參考文獻(xiàn)
第11章　用同源建模服務(wù)器SWISS-MODEL進(jìn)行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
11.1　SWISS-MODEL
11.2　運(yùn)行實(shí)例：用SWISS—MODEL服務(wù)器進(jìn)行蛋白三維模型構(gòu)建工作
11.2.1　實(shí)例之一：用首選模式進(jìn)行牛血清白蛋白的同源建模與結(jié)構(gòu)解析
11.2.2　實(shí)例之二：利用項(xiàng)目模式進(jìn)行蛋白的同源建模
11.2.3　實(shí)例之三：利用比對(duì)模式進(jìn)行蛋白的同源建模
11.2.4　實(shí)例之四：寡聚蛋白的同源建模
11.3　蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)預(yù)測方法
11.3.1　同源建模
11.3.2　反相折疊
11.3.3　從頭預(yù)測
參考文獻(xiàn)
第12章　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)
12.1　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類
12.1.1　按結(jié)構(gòu)域分類
12.1.2　系統(tǒng)性分類
12.2　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)工具
12.2.1　VAST——矢量比對(duì)工具
12.2.2　DALI距離矩陣(distance matrix alignment)
12.2.3　Structure
12.2.4　SSAP
第13章　用RasMol／PyMOL／Swiss-PdbViewer進(jìn)行生物分子三維結(jié)構(gòu)顯示和分析
13.1　引言
13.1.1　分子坐標(biāo)表示方法
13.1.2　分子表面
13.1.3　分子圖形顯示模型
13.1.4　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定方法
13.2　RasMol
13.2.1　RasMol的操作窗口
13.2.2　RasMol的命令行窗口
13.2.3　RasMol應(yīng)用實(shí)例
13.3　RasTop簡介
13.4　Swiss-PdbViewer
13.4.1　Swiss-PdbViewer簡介
13.4.2　Swiss-PdbViewer運(yùn)行實(shí)例
13.5　PyMOL
13.5.1　PyMOL簡介
13.5.2　PyMOL應(yīng)用實(shí)例
第14章　計(jì)算機(jī)輔助基因識(shí)別
14.1　引言
14.2　GENSCAN——基因預(yù)測的首選工具
14.2.1　影響GENSCAN預(yù)測準(zhǔn)確度的因素
14.2.2　GENSCAN的操作流程
14.3　WebGene——基因結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測工具集
14.4　GeneBuilder——基因結(jié)構(gòu)預(yù)測系統(tǒng)
14.5　ORF Finder——NCBI的開放閱讀框(()RF)識(shí)別工具
14.6　CpGPlot／CpGReport／Isochore——EMBL的CpG島計(jì)算工具
14.7　tRNAscan-SE——tRNA基因識(shí)別工具
第15章　計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)
15.1　引言
15.1.1　計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)技術(shù)誕生的時(shí)代背景
15.1.2計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)技術(shù)的原理與方法
15.1.3計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)的產(chǎn)業(yè)前景
15.2　IMGT工具包
15.3　蛋白酶體酶切位點(diǎn)的預(yù)測
15.3.1　NetChop 3.0服務(wù)器
15.3.2　ProPrac
15.4　MHC結(jié)合區(qū)域的預(yù)測
15.5　T細(xì)胞表位的預(yù)測
15.6　免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫
參考文獻(xiàn)