基因組學(xué)

第1章 基因組
1．1 遺傳的分子基礎(chǔ)
1．1．1 DNA的化學(xué)與生物學(xué)
1．1．2 RNA的化學(xué)與生物學(xué)
1．1．3蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與生物學(xué)
1．2 基因組序列復(fù)雜性
1．2．1 C值與C值悖理
1．2．2序列復(fù)雜性
1．2．3基因組的序列組成
1．3 基因與基因家族
1．3．1編碼RNA基因
1．3．2編碼蛋白質(zhì)基因
1．3．3基因家族
1．3．4異常結(jié)構(gòu)基因
1．3．5假基因
1．4 染色體
1．4．1真核生物染色體
1．4．2原核生物染色體
1．5 基因組
1．5．1人類基因組
1．5．2其他生物基因組
復(fù)習(xí)思考題
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第2章 遺傳圖繪制
2．1 遺傳圖與物理圖
2．2 遺傳作圖標(biāo)記
2．2．1基因標(biāo)記
2．2．2 DNA標(biāo)記
2．3 遺傳作圖的方法
2．3．1孟德爾遺傳學(xué)簡介
2．3．2連鎖分析
2．3．3不同模式生物的連鎖分析
2．4 遺傳圖繪制
2．4．1人類遺傳圖
2．4．2水稻遺傳圖
復(fù)習(xí)思考題
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第3章 物理圖繪制
3．1 限制性作圖
3．1．1限制性作圖的基本方法
3．1．2限制性作圖的局限
3．2 基于克隆的基因組作圖
3．2．1大分子DNA的克隆載體
3．2．2重疊群組建
3．2．3指紋作圖
3．3 染色體細(xì)胞圖
3．3．1同位素或熒光標(biāo)記探針的原位雜交
3．3．2原位雜交
3．4 輻射雜種作圖
3．4．1序列標(biāo)簽位點
3．4．2輻射雜種作圖的程序與方法
3．5 基因組整合圖
3．5．1人類基因組整合圖
3．5．2水稻基因組整合圖
復(fù)習(xí)思考題
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第4章 基因組測序與序列組裝
4．1 DNA測序的方法
4．1．1鏈終止法
4．1．2化學(xué)降解法
4．1．3自動化測序
4．1．4非常規(guī)測序
4．2 基因組測序
4．2．1基因組測序的策略
4．2．2基因組測序的覆蓋面
4．2．3序列間隙與物理間隙
4．2．4插入片段的兩端測序
4．3 序列組裝
4．3．1作圖法測序與序列組裝
4．3．2鳥槍法測序與序列組裝
4．3．3不同測序路線與序列組裝策略的比較
4．4 基因組測序的其他路線
4．4．1重要區(qū)域的優(yōu)先測序
4．4．2 EST測序
4．4．3序列瀏覽
4．5 人類基因組測序與組裝
4．5．1人類基因組的測序策略
4．5．2人類基因組測序的倫理學(xué)問題
4．5．3人類基因組測序計劃相關(guān)的
重大事件
復(fù)習(xí)思考題
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第5章 基因組序列注釋
5．1 搜尋基因
5．1．1根據(jù)基因結(jié)構(gòu)特征搜尋基因
5．1．2同源基因查詢
5．1．3實驗確認(rèn)基因
5．1．4基因的命名與分類
5．2 基因功能預(yù)測
5．2．1計算機預(yù)測基因功能
5．2．2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域在功能預(yù)測中的意義
5．2．3根據(jù)協(xié)同進(jìn)化注釋基因功能
5．3 基因功能檢測
5．3．1基因失活是基因功能分析的主要手段
5．3．2基因的過表達(dá)用于功能檢測
5．4 高通量基因功能的研究方法
5．4．1突變體庫構(gòu)建
5．4．2 RNA干擾與基因功能檢測
5．4．3蛋白質(zhì)互作
5．5 功能基因組學(xué)
5．5．1組學(xué)簡介
5．5．2轉(zhuǎn)錄物組
5．5．3蛋白質(zhì)組
復(fù)習(xí)思考題
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第6章 基因組解剖
6．1 原核生物基因組解剖
6．1．1原核生物基因組的物理結(jié)構(gòu)
6．1．2原核生物基因組的遺傳組成
6．2 真核生物基因組解剖
6．2．1真核生物核基因組
6．2．2真核生物細(xì)胞器基因組
6．3 轉(zhuǎn)座因子與分散重復(fù)序列
6．3．1 DNA轉(zhuǎn)座子
6．3．2逆轉(zhuǎn)錄因子與分散重復(fù)序列家族
6．3．3真核生物分散重復(fù)序列的比較
6．4 串聯(lián)重復(fù)序列及其分布
6．5 人類基因組的結(jié)構(gòu)與組成
6．5．1人類基因組編碼基因
6．5．2人類基因組非編碼基因
6．6 擬南芥基因組編碼基因
6．6．1蛋白質(zhì)編碼基因
6．6．2 RNA編碼基因
復(fù)習(xí)思考題
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第7章 基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
7．1 原核生物基因的轉(zhuǎn)錄
7．1．1轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控
7．1．2轉(zhuǎn)錄延伸與終止調(diào)控
7．2 真核生物基因的轉(zhuǎn)錄
7．2．1RNA聚合酶與轉(zhuǎn)錄因子
7．2．2真核生物Pol I基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．3真核生物：Pol II基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．4真核生物Pol III基因的轉(zhuǎn)錄起始與終止
7．2．5細(xì)胞器基因的轉(zhuǎn)錄
7．3 古細(xì)菌基因的表達(dá)調(diào)控
7．4 基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
7．4．1轉(zhuǎn)錄調(diào)控的順式元件
7．4．2轉(zhuǎn)錄調(diào)控的反式因子
7．4．3轉(zhuǎn)錄因子與調(diào)控序列的互作
7．4．4轉(zhuǎn)錄因子家族
復(fù)習(xí)思考題
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第8章 RNA的修飾與加工
8．1 細(xì)胞中的RNA組分
8．1．1編碼RNA
8．1．2非編碼RNA
8．1．3前體RNA
8．2 mRNA的修飾與加工
8．2．1 mRNA的5’加帽
8．2．2 mRNA的3’端多聚腺苷酸化
8．2．3前體mRNA的剪接加工
8．3 非編碼RNA的加工與修飾
8．3．1 rRNA前體和tRNA前體的剪切加工
8．3．2 rRNA和tRNA的化學(xué)修飾與加工
8．3．3 mRNA的編輯
8．3．4干擾RNA與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控
8．4 細(xì)胞中mRNA的定位與降解
8．4．1細(xì)胞[}mRNA的分布與定位
8．4．2 mRNA的定位機制
8．4．3 mRNA的降解路線
復(fù)習(xí)思考題
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第9章 蛋白質(zhì)的合成與加工
9．1 蛋白質(zhì)的合成
9．1．1 tRNA與氨酰化
9．1．2密碼子與反密碼子的互作
9．1．3蛋白質(zhì)合成中核糖體的作用
9．2 蛋白質(zhì)翻譯調(diào)控
9．2．1翻譯的起始
9．2．2翻譯的整體調(diào)控
9．2．3翻譯的專一性調(diào)控
9．3 蛋白質(zhì)翻譯后加工
9．3．1蛋白質(zhì)的剪切加工
9．3．2蛋白質(zhì)折疊
9．3．3化學(xué)修飾
9．4 蛋白質(zhì)降解
9．4．1蛋白質(zhì)降解標(biāo)記——泛素化
9．4．2蛋白酶體
9．4．3蛋白質(zhì)降解是調(diào)控細(xì)胞活性的
重要環(huán)節(jié)
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)

第10章 基因組表觀遺傳
10．1 什么是表觀遺傳
10．1．1表觀遺傳定義
10．1．2表觀遺傳現(xiàn)象
10．1．3表觀遺傳機制
10．2 位置效應(yīng)與表觀遺傳
10．2．1座位控制區(qū)
10．2．2絕緣子
10．2．3副突變
10．3 DNA甲基化與表觀遺傳
10．3．1 DNA甲基化
10．3．2甲基化與基因調(diào)控
10．3．3 DNA甲基化與轉(zhuǎn)座子沉默
10．3．4基因組印記
10．3．5甲基化組
10．4 染色質(zhì)重建與表觀遺傳
10．4．1核小體與基因表達(dá)
10．4．2先入模型
10．4．3動態(tài)模型
10．4．4非編碼RNA與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的
動態(tài)變化
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)

第11章 基因組的復(fù)制
11．1 DNA復(fù)制的問題
11．1．1 DNA復(fù)制的拓?fù)鋵W(xué)
11．1．2 DNA的半保守復(fù)制
11．1．3 DNA拓?fù)涿讣捌涔δ?br /> 11．1．4 DNA復(fù)制的特點
11．2 原核生物基因組的復(fù)制
11．2．1原核生物DNA復(fù)制起始點
11．2．2復(fù)制的起始
11．2．3復(fù)制的延伸
11．2．4復(fù)制的終止
11．2．5古細(xì)菌基因組的復(fù)制
11．3 真核生物核基因組的復(fù)制
11．3．1酵母DNA復(fù)制起始點
11．3．2高等真核生物DNA復(fù)制起始點
11．3．3真核生物DNA復(fù)制叉上的事件
11．3．4端粒復(fù)制
11．4 細(xì)胞器基因組的復(fù)制
11．4．1線粒體基因組的復(fù)制
11．4．2葉綠體基因組的復(fù)制
11．5 基因組復(fù)制的調(diào)控
11．5．1基因組復(fù)制與細(xì)胞的分裂
11．5．2細(xì)胞S期的控制
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)

第12章 基因組進(jìn)化的分子基礎(chǔ)
12．1 突變
12．1．1突變的機制
12．1．2突變的效應(yīng)
12．1．3超突變和程序性突變
12．1．4 DNA修復(fù)
12．1．5DNA單鏈的非對稱性進(jìn)化
12．2 重組
12．2．1同源重組
12．2．2位點專一性重組
12．2．3雙鏈斷裂重組模型
12．2．4染色體重排
12．3 轉(zhuǎn)座
12．3．1 DNA轉(zhuǎn)座
12．3．2逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)

第13章 基因組進(jìn)化的模式
13．1 遺傳系統(tǒng)的起源
13．1．1 RNA世界
13．1．2基因組的起源
13．1．3生命三界
13．2 新基因的產(chǎn)生
13．2．1基因與基因組加倍
13．2．2外顯子洗牌與蛋白質(zhì)創(chuàng)新
13．2．3 DNA水平轉(zhuǎn)移
13．2．4重復(fù)基因的命運
13．3 非編碼序列的擴(kuò)張
13．3．1真核生物基因組非編碼序列的組成
13．3．2轉(zhuǎn)座子與基因組進(jìn)化
13．3．3內(nèi)含子的起源
13．4 比較基因組學(xué)
13．4．1基因組同線性
13．4．2基因島和基因協(xié)同進(jìn)化
13．4．3遠(yuǎn)緣物種中基因與調(diào)控序列的
保守性
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)

第14章 基因組與生物進(jìn)化
14．1 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)
14．1．1表征學(xué)和分支系統(tǒng)學(xué)
14．1．2分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)
14．1．3 DNA系統(tǒng)發(fā)生樹
14．2 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)與生物進(jìn)化
14．2．1生命的起源
14．2．2人類的起源
14．2．3現(xiàn)代人的起源
14．3 基因組與生物多樣性
14．3．1生物多樣性的遺傳基礎(chǔ)
14．3．2生物多樣性的分子機制
14．3．3基因調(diào)控的進(jìn)化與生物多樣性
復(fù)習(xí)思考題
參考文獻(xiàn)
名詞解釋