《暗穴》講述的是江京第二醫(yī)科大學的兩名大學生被以解剖的手法殘酷殺害,受害者之一黃詩怡的男友關鍵成為警方的重點懷疑人。有異能的關鍵預見了兩起兇殺案的受害者,卻因為時空阻隔,無法阻止死亡的發(fā)生,同時,他能感受到被害者承受的肉體疼痛。一個日本醫(yī)學科學交流小組找到關鍵,希望對關鍵的特異功能進行研究,同時提出愿意幫助關鍵調查黃詩怡被害的真相。小組來江京的真正意義是要調查五年前的一起藝術品劫殺案,領隊山下雄治正是劫殺案受害者、著名陶瓷藝術家山下雅廣的獨子。黃詩怡的父親黃冠雄,做為山下雅廣的保鏢,也在那場劫殺案中遇難,卻被懷疑為監(jiān)守自盜。關鍵與實驗小組的翻譯安崎佐智子一起,從山下雅廣的生平著手調查,發(fā)現了半個多世紀前山下雅廣和中日混血少女何玲子的一段凄絕戀情:熱戀中的何玲子突然不告而別,回中國參加了地下抗日活動。山下雅廣傷心之余,成為了日本秘密細菌戰(zhàn)的一名重要軍醫(yī),掌握了精湛的解剖刀法。不料,在做為試驗基地的地下魔窟中,山下雅廣卻在送來做人體試驗的人群中發(fā)現了何玲子……實驗小組的課題進行中,不斷又有人被以解剖手法殺害。實驗中,關鍵更是“預見”到,身邊所有人,包括他自己,都難逃一死。當關鍵和實驗小組所有成員終于找到并陷入那個日軍入侵后留下的地下魔窟遺址時,殘暴的兇手從黑暗中出現,開始了最后的瘋狂殺戮……